Cadangan pembinaan sebuah sekolah baru di Kamunting bermula pada tahun 1990 apabila berlaku limpahan pelajar di SMK Kamunting yang ketika itu telah melebihi 2000 orang. Pada tahun 1993, tender pembinaan sekolah telah dikeluarkan oleh kerajaan dan pihak yang berjaya ialah Syarikat Pembinaan dan Pembangunan Serantau SDN. BHD. dari Petaling Jaya, Selangor. Pembinaan telah dimulakan pada tahun 1994.
SMK Bukit Jana mula beroperasi pada 1 April 1996 sebagai salah sebuah sekolah menengah di negeri Perak dengan kumpulan pertama pelajar seramai 551 orang yang terdiri daripada pelajar kelas peralihan, tingkatan 1, tingkatan 2 dan tingkatan 4. Pada peringkat awal penubuhannya, sebahagian besar pelajar SMK Bukit Jana adalah merupakan pecahan pelajar daripada SMK Kamunting yang alamat tempat tinggal mereka adalah dari pekan Kamunting membawa sehingga sempadan Ulu Sepetang dan Pondok Tanjung.
